公式ページよりAngstrom Linuxのイメージをダウンロードして入れ替えることで、初期状態に戻すことができる。
■用意するもの。
・4GB以上のマイクロSDカード
・USBケーブル（給電用）
・内蔵eMMCイメージ
ダウンロード：http://beagleboard.org/latest-images
上記より、BeagleBone Black (eMMC flasher) をダウンロード。
BBB-eMMC-flasher-2013.06.20.img.xz 369MB
・7zip (上記.zx解凍用)
ダウンロード：http://www.7-zip.org/download.html
・Image Writer for Windows.(SDカードにOSイメージを書き込むツール）
ダウンロード：
http://sourceforge.net/projects/win32diskimager/files/latest/download
■内蔵eMMCの更新
eMMCイメージの解凍
ダウンロードした BBB-eMMC-flasher-2013.06.20.img.xz を7zipで解凍。
以下が生成される。
BBB-eMMC-flasher-2013.06.20.img 3.57GB
マイクロSD書き込み
マイクロSDをUSBリーダ等でPCに接続し、
Image Writer for Windows.（Win32DiskImager.exe）を起動。
BBB-eMMC-flasher-2013.06.20.img とSDカードのドライブを選択して書き込み実行。
BBB内蔵eMMCの入れ替え
上記イメージを書き込んだマイクロSDに挿入し、S2スイッチを押しながらUSB給電を開始する。
↑S2はこっち側のスイッチ
入れ替え処理が開始されたかどうかは、インジケーターの点滅具合でわかる。
以下公式ページの画像より
USR0 ハートビート（定期点滅）
USR1 SDカードアクセス
USR2 CPU稼働状況
USR3 内蔵eMMCアクセス
USR1のSDカードアクセスと、USR3の内蔵eMMCアクセスが頻繁（点灯したままが長く続く）であれば、cMMCのフラッシュが行われている。SDカードアクセスがほとんどなければ、内蔵cMMCが起動してるだけなのでやり直すこと。
更新の終わりははっきりとはわからないので、自分の場合は寝る前に開始して朝終わっていた。
どれだけ時間がかかるかわからないが、USR1のSDカードアクセスが無くなるので、そこで判断できるとは思う。
後は動作確認を行って問題なければ成功。
参考サイト：Update board with latest software
http://beagleboard.org/Getting%20Started#update
はじめまして！
Beagleboneに詳しい片に出会えてうれしく思います。
誠に恐縮で申し訳ございませんが、
長年思い悩んでいる案件でご相談があります。
今、ある１台のBeagleBoneのフラッシュメモリ内にある状態を、
他の１台に複製を行いたいのです。
操作方法として、
（１）コピー元のBeagleBoneをSDカードより
ブート可能なイメージをダウンロードした、
SDカードで立上げます。
（２）TeraTermというフリーソフトで装置にシリアルポートでアクセスし、
装置内のデバイスを確認し、フラッシュメモリ(mmcblk1）と、
USBポートの差し込んだメモリ(=sda1)を確認します。
（３）USBメモリ内にフォルダを作成します。
(mkdir usbmem)
（４）USBメモリ(=sda1)をマウントします。
(sudo mount /dev/sda1 ./usbmem)
（５）認識された接続デバイスの内のフラッシュメモリ(mmcblk1）を
USBメモリにコピーします。
(sudo dd if=/dev/mmcblk1 of=./usbmem/バックアップファイル名.img
（６）上記（５）完了後、コピー先の新しいBeagleBoneに
上記（１）〜（２）、及び（３）の操作を行い、USBをマウントします。
（７）認識された接続デバイスの内のUSBメモリ内ファイルを、
コピー先の新しいBeagleBoneの
フラッシュメモリ(mmcblk1）にコピーします。
(sudo dd if=./usbmem/バックアップファイル名.img of=/dev/mmcblk1)
とすると、
dd:writing to '/dev/mmcblk1':No space left on device
というエラーが出てしまいます。
おそらく、コピー元のフラッシュメモリ内をそのまま全ての容量で、
USBにコピーし、その後、コピー先の新しいフラッシュメモリに納まらなかったのが、
原因ではないか思いますが、
コピー元のeMMCフラッシュメモリ内の容量を圧縮して、
コピー先の新しいフラッシュメモリ内に複製する方法は無いでしょうか？
だめなら、何か他に良い方法がありますでしょうか？
ぜひご教示頂けます様、お願い申し上げます。